Virulence factors and antimicrobial resistance of Escherichia coli isolated from urinary tract of swine in southern of Brazil / Fatores de virulência e resistência aos antimicrobianos de Escherichia coli isoladas do trato urinário de suínos do Sul do Brasil

The present study determined the molecular and resistance patterns of E. coli isolates from urinary tract of swine in Southern of Brazil. Molecular characterization of urinary vesicle samples was performed by PCR detection of virulence factors from ETEC, STEC and UPEC. From a total of 82 E. coli isolates, 34 (38.63 percent) harbored one or more virulence factors. The frequency of virulence factors genes detected by PCR were: pap (10.97 percent), hlyA (10.97 percent), iha (9.75 percent), lt (8.53 percent), sta (7.31 percent) sfa (6.09 percent), f4 (4.87 percent), f5 (4.87 percent), stb (4.87 percent), f6 (1.21 percent) and f41 (1.21 percent). Isolates were resistant to penicillin (95.12 percent), lincomycin (93.9 percent), erythromycin (92.68 percent), tetracycline (90.24 percent), amoxicillin (82.92 percent), ampicillin (74.39 percent), josamycin (79.26 percent), norfloxacin (58.53 percent), enrofloxacin (57.31 percent), gentamicin (39.02 percent), neomycin (37.8 percent), apramycin (30.48 percent), colistine (30.48 percent) and cefalexin (6.09 percent). A number of 32 (39.02 percent) E. coli isolates harbored plasmids.

O presente estudo teve por objetivo determinar os padrões moleculares e de resistência aos antimicrobianos de isolados de E. coli provenientes do trato urinário de suínos no Sul do Brasil. Os fatores estudados dividiram os patotipos ETEC, STEC e UPEC. Trinta e quatro (38,63 por cento) isolados avaliados apresentavam um ou mais dos fatores de virulência pesquisados. A freqüência dos genes de virulência detectados foram: pap (10,97 por cento), hlyA (10,97 por cento), iha (9,75 por cento), lt (8,53 por cento), sta (7,31 por cento) sfa (6,09 por cento), f4 (4,87 por cento), f5 (4,87 por cento), stb (4,87 por cento), f6 (1,21 por cento) e f41 (1,21 por cento). Os isolados foram resistentes à penicilina (95,12 por cento), lincomicina (93,9 por cento), eritromicina (92,68 por cento), tetraciclina (90,24 por cento), amoxacilina (82,92 por cento), ampicilina (74,39 por cento), josamicina (79,26 por cento), norfloxacina (58,53 por cento), enrofloxacina (57,31 por cento), gentamicina (39,02 por cento), neomicina (37,8 por cento), apramicina (30,48 por cento), colistina (30,48 por cento) e cefalexina (6,09 por cento). Trinta e dois (39,02 por cento) isolados de E. coli continham plasmídeos.

Molecular characterization of Rhodococcus equi isolates of horse breeding farms from an endemic region in South of Brazil by multiplex PCR

Rhodococcus equi is a gram-positive coco-bacillus and an intracellular opportunistic pathogen which causes pneumonia in foals. It is widely detected in environment and has been isolated from several sources, as soil, feces and gut from health and sick foals. The goal of this study was to characterize the epidemiological status (endemic, sporadic or no infection) of horse breeding farms from Bage County in South of Brazil, using a multiplex PCR. One hundred and eighteen R. equi isolates were identified by biochemical tests and submitted to a specie-specific and vapA multiplex PCR. These isolates were obtained from: three farms where the R. equi infection has been noticed, two farms where the disease has been not reported and one farm where the disease is frequent. All clinical isolates from horse breeding farms where the disease is endemic and/or sporadic were vapA-positive. None environmental isolates were vapA-positive. In three horse breeding farms with sporadic R. equi infection, 11.54 percent of the isolates from adult horse feces were vapA-positive. The multiplex PCR technique has proven to be effective for the molecular and epidemiological characterization of the R. equi isolates in horse breeding farms. An important finding in this study was the isolation of vapA-positive R. equi from adult horse feces, which is an evidence for other routes of dissemination of this pathogen in the farms.

Rhodococcus equi é um coco-bacilo gram positivo que causa pneumonia em potros. Trata-se de um patógeno oportunista amplamente detectado no ambiente e isolado de várias fontes, como solo, fezes e intestino de potros doentes e sadios. O presente estudo visa caracterizar a situação epidemiológica de criatórios eqüinos da região de Bagé, RS, Brasil, pela técnica de PCR multiplex. Cento e dezoito isolados de R. equi foram identificados por testes bioquímicos e, posteriormente, submetidos a um PCR multiplex para caracterização da espécie e da presença do gene vapA. Estes isolados eram provenientes de três haras com histórico da doença, dois haras onde não havia casos da doença e uma propriedade onde a infecção por R. equi é relatada frequentemente. Todos os isolados clínicos provenientes de haras onde a doença é endêmica e/ou esporádica foram vapA positivos. Nenhum isolado ambiental foi vapA positivo. Nos três haras onde a doença é esporádica, 11,54 por cento dos isolados de fezes de eqüinos adultos foram positivos para o gene vapA. A técnica de PCR multiplex mostrou-se efetiva para caracterização epidemiológica e molecular dos criatórios equinos, estando de acordo com o histórico da propriedade. Um fato relevante demonstrado pela aplicação desta técnica foi a detecção de R. equi vapA positivo nas fezes de eqüinos adultos. Esta observação pode pressupor que haja outras vias de disseminação da bactéria dentro de uma propriedade.

Molecular analysis of an integrative conjugative element, ICEH, present in the chromosome of different strains of Mycoplasma hyopneumoniae

Diversification of bacterial species and pathotypes is largely caused by lateral gene transfer (LGT) of diverse mobile DNA elements such as plasmids, phages, transposons and genomic islands. Thus, acquisition of new phenotypes by LGT is very important for bacterial evolution and relationship with hosts. This paper reports a 23 kb region containing fourteen CDSs with similarity to the previous described Integrative Conjugal Element of Mycoplasma fermentans (ICEF). This element, named ICEH, is present as one copy at distinct integration sites in the chromosome of 7448 and 232 pathogenic strains and is absent in the type strain J (non-pathogenic). Notable differences in the nucleotide composition of the insertion sites were detected, and could be correlated to a lack of specificity of the ICEH integrase. Although present in strains of the same organism, the ICEH elements are more divergent than the typical similarity between other chromosomal locus of Mycoplasma hyopneunomiae, suggesting an accelerated evolution of these constins or an ongoing process of degeneration, while maintaining conservation of the tra genes. An extrachromosomal form of this element had been detected in the 7448 strain, suggesting a possible involvement in its mobilization and transference of CDSs to new hosts.

Application of broad-range bacterial PCR amplification and direct sequencing on the diagnosis of neonatal sepsis

Primers universais, que amplificam regiões conservadas de rDNA 23S, foram utilizados para analisar 306 amostras de cultivo de sangue obtidas de 295 neonatos com um ano ou menos de idade admitidos em unidades hospitalares de tratamento intensivo. O diagnóstico molecular baseado em seqüenciamento dos produtos de PCR foi comparado com os resultados obtidos do cultivo das amostras de sangue. Os resultados foram concordantes para 277 (90.5 per center) das 306 amostras testadas, incluindo 263 amostras PCR-negativo e cultura-negativa e 29 amostras cultura-positiva e PCR-positivo. Comparado com o método de cultivo, a técnica de PCR combinada com seqüenciamento, apresentou maior especificidade, 88 per center e 96,3 per center respectivamente, com valores preditivos positivos e negativos de 74,3 e 98,5 per center respectivamente. Concluímos que a técnica baseada em PCR utilizando amostras de cultivo de sangue, obtidas de neonatos com suspeita de sepse bacteriana, apresenta boa correlação com os métodos de cultivo convencionais. A metodologia de PCR/seqüenciamento apresenta aplicabilidade como técnica complementar para o diagnóstico da sepse neonatal. Esta metodologia fácil de ser executada fornece resultados confiáveis podendo ser recomendada para utilização no diagnóstico de amostras obtidas durante o tratamento antimicrobiano especialmente quando o resultado do cultivo permanece negativo. Apresenta, também, potencial de utilização na identificação de espécies bacterianas com problemas de classificação pelos métodos convencionais microbiológicos.